Jika di era Soekarno kaum nasionalis dan komunis didoping untuk mengimbangi kekuatan politis Angkatan Darat yang cenderung ke kanan, dan kaum Islamis diberi porsi secukupnya. Di era Soeharto pasca menumpas komunis dengan kekuasaan yang didominasi militer dan 'mempekerjakan' kaum akademis dan birokrat, kaum Islamis didoping untuk mendesak kaum nasionalis dan sosialis plus sisa komunis hingga tersudut ke pinggiran pentas politik.

Ketika Soeharto mulai mencium gelagat militer tak lagi bisa dia kontrol sepenuhnya, kekuatan kaum Islamis makin didoping untuk menandingi para 'anak macan' dari militer yang telah jago terkam di pentas politik. Operatornya dipercayakan pada BJ Habibie.

Dan ketika Soeharto jatuh, dan Habibie mendapatkan hibah kekuasaan sebagai presiden, maka kaum Islamislah yang digunakan Habibie sebagai armada politiknya untuk mengimbangi kekuatan politik para jenderal yang memiliki syahwat tinggi untuk menjadi penguasa tertinggi di NKRI.

FPI didirikan sebagai bagian dari persiapan Pam Swakarsa untuk mengamankan Sidang Istimewa MPR 1998, dideklarasikan di Pesantren Al Um Ciputat, dihadiri oleh para petinggi militer dan Polri, termasuk Kapolda Jakarta Nugroho Djayoesman. Menurut Gus Dur 4 jenderal pembentuk FPI adalah Wiranto, Noegroho Djajusman, Sutanto, Djaja Suparman.

Pam Swakarsa atau Pasukan Pengamanan Masyarakat Swakarsa adalah sebutan untuk kelompok sipil bersenjata tajam yang dibentuk oleh TNI untuk membendung aksi mahasiswa sekaligus mendukung Sidang Istimewa MPR (SI MPR) tahun 1998, yang berakhir dengan Tragedi Semanggi. Selama SI MPR, Pam Swakarsa berkali-kali terlibat bentrokan dengan para pengunjuk rasa yang menentang SI. Juga terlibat bentrokan dengan masyarakat yang merasa resah dengan kehadiran Pam Swakarsa.

Hubungan Wiranto, Noegroho Djayoesman, dan petinggi militer lain sebagai bidan kelahiran FPI diakui sendiri oleh Kivlan Zen, mantan Kakostrad. 

Kivlan Zen mengatakan bahwa Presiden BJ Habibie berdasarkan pengakuannya telah memberikan sejumlah dana untuk pam swakarsa, November 1998, melalui Wiranto, yang saat itu menjabat Panglima ABRI. Tanggal 4 November 1998, Kivlan mengaku dipanggil Wiranto di Mabes ABRI Jalan Merdeka Barat sekitar pukul 15.30. Ketika itu Wiranto meminta untuk mengerahkan massa pendukung Sidang Istimewa sambil mengatakan bahwa itu juga merupakan perintah Presiden BJ Habibie. Perintah ini bersifat rahasia

Setelah terbentuk Pam Swakarsa, Wiranto terlibat pertemuan yang mengkoordinasikan pergerakan pasukan milisi itu. Pada 9 November 1998, sekitar pukul 09.00-10.00, dilakukan rapat di rumah dinas Wiranto di Kompleks Menteri, Jalan Denpasar Raya, Jakarta. Hadir dalam pertemuan itu antara lain: Pangab Jenderal Wiranto, Pangdam Jaya Mayjen Djadja Suparman, Kapolda Metro Jaya MayjenNoegroho Djajoesman, dan Mayjen Kivlan Zen. Soal pendanaan awal, Wiranto mengarahkan Kivlan untuk bertemu pengusaha Setiawan Djody dan staf wakil presiden, Jimmly Ashiddiqie.

Pasukan Pam swakarsa yang beratribut ikat kepala bertuliskan huruf Arab tersebut, dinilai oleh sejumlah kalangan masyarakat justru telah merusak citra Islam karena ternyata kebanyakan dari mereka merupakan preman bayaran.

Para mantan anggota pasukan pam swakarsa juga menjelaskan bahwa mereka diketuai seorang panglima. Panglima itu dibantu sejumlah asisten di antaranya asisten intelijen, asisten operasional, dan asisten personalia dan logistik. Struktur ini mirip dengan struktur kemiliteran. Anggota pam swakarsa di lapangan yang banyaknya sekitar 30 ribu orang dibayar honornya per hari per orang. 

Pasukan Pam Swakarsa ini terdiri dari beberapa barisan. Ada yang di bawah koordinasi kepolisian, ada yang di bawah komando Furkon (Faisal Biki), ada yang dari Masyarakat Madura di bawah koordinasi Chalil Badawi, tak ketinggalan onderbrouw ICMI, yakni CIDES ikut bermain. Unsur-unsur Pam Swakarsa dapat juga disebut terdiri dari antara lain Furkon yang berada di bawah tanggung jawab MUI (dibentuk pada Kongres Umat Islam, tanggal 7-11 November 1998), KISDI (yang dipimpin Ahmad Sumargono yang pernah tercatat sebagai petinggi Partai Bulan Bintang), Brigade Hizbullah BKUI, GPI, Remaja Masjid Al-Furqon Bekasi, dan Mahasiswa Islam Bandung. Para komandannya umumnya adalah jawara-jawara silat yang sebagian didatangkan dari Banten. 

Kelompok yang besar digerakkan oleh Faisal Biki, adik kandung almarhum Amir Biki, tokoh peristiwa Tanjungpriok. Bersama kelompok Forum Umat Islam Penegak Keadilan dan Konstitusi (Furkon) yang didirikan Komarudin Rahmat, Daud Poliraja, dan Furqon. Faisal sendiri mengaku, dananya antara lain dikucurkan oleh Menhankam Pangab Jenderal Wiranto dan Wakil Ketua DPR/MPR Abdul Gafur. Pasukan yang dirangkul Furkon berasal dari berbagai daerah. Jakarta, misalnya, banyak disumbang pasukan dari wilayah Tanahabang, Tanjungpriok, dan Kwitang. Dari luar daerah, kebanyakan dari Serang, Rangkasbitung, dan Pandeglang. Ada pula yang datang dari Yogyakarta, seperti diakui Ketua Tarbiyah Islamiah Yogyakarta, Djalaludin Syukur

Majelis Dakwah Islamiah, sebuah forum pengajian yang dibina Golkar, menurunkan 600 anggota dengan tugas memblokir Tugu Proklamasi yang sedianya menjadi ajang digelarnya parlemen jalanan oleh mahasiswa dan kelompok penentang SI MPR. Ada juga kelompok dari Menteng, Kalipasir, dan Gondangdia. Bersama kelompok lain mereka bertugas menjaga Taman Ismail Marzuki.

Beberapa lokasi yang dijadikan markas barisan Pam Swakarsa adalah Mesjid Istiqlal, Manggala Wanabhakti, Mesjid Al Azhar dan sebuah tempat dekat Mabes ABRI di kawasan Cilangkap. Tidak semuanya datang dari kalangan Islam.

Kepolisian Daerah Metro Jaya menyebut Pemuda Pancasila, Pemuda Pancamarga, FKPPI, dan berbagai organisasi lainnya juga berhimpun dalam pasukan paramiliter yang ikut mengamankan SI. Pemuda Pancasila, Pemuda Pancamarga, dan Warga Wijaya Indonesia bermarkas dalam kompleks Gedung DPR/MPR. Namun jumlah yang lebih banyak, yang bermarkas di Masjid Istiqlal dan Masjid Al Banna, Senayan, datang dari kalangan Islam. Mereka tak hanya berasal dari wilayah Jabotabek, melainkan dari daerah lain seperti Banten, Bandung, Pandeglang, Yogyakarta, Surabaya, dan Madura.

Pada 2004, para mantan anggota pasukan pengamanan swakarsa (pam swakarsa) meminta Jenderal TNI (Purn) Wiranto selaku mantan Panglima TNI mengakui keberadaan mereka dan pernah mengeluarkan kebijakan terkait pengerahan pams wakarsa pada Sidang Istimewa (SI) MPR tahun 1998. Mereka juga mendesak Wiranto merevisi tulisannya dalam buku "Bersaksi Di tengah Badai", yang menafikkan sekaligus menyakiti hati mereka lantaran tidak mengakui adanya pamswakarsa. 

• Mengapa Kementerian Agama Dibentuk oleh Sjahrir yang Sekuler, Bukan Soekarno?
• Ayo Menginap di Istana Dracula